Основным вопросом в споре между ООО «Мега-Инвест» и налоговой стало то, должно ли налогообложение быть одинаковым для компаний, структура которых полностью завязана на России, и бизнеса, в структуре которого есть зарубежные элементы. «Мега-Инвест» выступало против формального подхода к налогообложению: если конечный бенефициар российский, не скрывает этого и добровольно платит налоги, налогообложение должно идти по российской схеме. В противном случае налоговая стимулирует бизнес скрывать бенефициаров, объясняли в компании, и соблюдение закона создает налоговые риски. ФНС считала иначе: если в структуре бизнеса есть зарубежные элементы, это и есть потенциальный риск потерять бюджетные деньги.